Den Kern der Sammlung des B.C. Koekkoek-Hauses stellen die Landschaftsgemälde von Barend Cornelis Koekkoek und, eine Besonderheit in seinem Schaffen, ein Frauenbildnis mit landschaftlichem Hintergrund, dar.
Keine der Landschaften des Künstlers ist vollständig an der Realität orientiert, also eine topographisch getreue Wiedergabe. Der berühmte Maler komponierte seine Werke durch an der Wirklichkeit entlehnte Elemente und nicht existente Landschaften, die sein persönliches Bild einer idealen Natur wiedergaben. Seine „Neuschöpfungen“, die von den Besuchern bewundert und geachtet werden, sind daher einzigartige Besonderheiten.
Einen weiteren wichtigen Sammlungsschwerpunkt stellen die Gemälde aus dem weit verzweigten Familienkreis von Barend Cornelis Koekkoek dar, die insgesamt sechs Generationen umfasst. Diese Gruppe enthält viele Werke des Vaters von Barend Cornelis, Johannes Hermanus Koekkoek (Veere 1778-1851 Amsterdam), einem Maler von Seestücken.
Zwei seiner Brüder, Johannes (Middelburg 1811-1831 Breda) und Hermanus (Middelburg 1815-1882 Haarlem), beschäftigten sich speziell mit See- und Flusslandschaften; und ein weiterer Bruder, Marinus Adrianus (Middelburg 1807-1868 Amsterdam), malte als Schüler des berühmten Barend Cornelis ausschließlich Landschaftsbilder.
Von den späteren Generationen sind der Seemaler Johannes Hermanus Barend Koekkoek (Amsterdam 1840-1912 Hilversum) und der Maler von Stadtansichten, Willem Koekkoek (Amsterdam 1839-1895 Nieuwer-Amstel), von Bedeutung.
Von den vielen Schülern von Barend Cornelis Koekkoek muss der Klever Johann Bernhard Klombeck (Kleve 1815-1893 Kleve) als dessen Meisterschüler erwähnt werden. Er kam dem Schaffen seines Meisters zwar sehr nah, konnte aber nie dessen unverwechselbar einnehmende Natürlichkeit in der Wiedergabe der Landschaften erlangen.
Die Sammlung des B.C. Koekkoek-Hauses verfügt ferner über eine große Anzahl von Gemälden, deren Schöpfer für kurze oder auch lange Zeit bei Barend Cornelis Koekkoek lernten, wie etwa Willem Bodeman, F.M. Kruseman, Alexander Joseph Daiwaille oder Lodewijk Johannes Kleijn.
Das Museum B.C. Koekkoek-Haus besitzt zudem die größte Sammlung von Zeichnungen aus der Hand von Barend Cornelis Koekkoek, die jedoch – aufgrund ihrer Empfindlichkeit – nur gelegentlich in Wechselausstellungen zu sehen ist.